广义的来说，FPGA的配置包括直接使用下载电缆对FPGA器件进行编程、对外部EEPROM和FLASH进行编程、使用MPU对FPGA器件进行编程、外部EEPROM和FLASH对器件进行编程等。

FPGA器件配置方式分三大类：主动配置、被动配置和JTAG配置。

主动配置：由FPGA器件引导配置操作过程。

被动配置：由计算机或控制器控制配置过程。上电后，控制器件或主控器把存储在外部存储器中的数据送入FPGA器件内，配置完成之后将对器件I/O和寄存器进行初始化。初始化完成后，进入用户模式，开始正常工作。

一旦设计者选定了FPGA系统的配置方式，需要将器件上的MSEL引脚设定为固定值，以指示当前所采用的配置方式。

常用的配置方式有：

PS配置(Passive Serial Configuration)：被动串行配置

AS配置(Active Serial Configuration)：主动串行配置

PPS配置(Passive Parallel Synchronous Configuration)：被动并行同步配置

FPP配置(Fast Passive Parallel Configuration)：快速被动并行配置

PPA配置(Passive Parallel Asynchronous Configuration)：被动并行异步配置

PSA配置(Passive Serial Asynchronous Configuration)：被动串行异步配置

JTAG配置(Joint Test Action Group Configuration)